Sulla via che da Milano portava a Bergamo e Venezia sorgeva fin dal X secolo una chiesetta dedicata alla Vergine. Circa due secoli più tardi vi si costituì una comunità di canonici regolari che professavano la regola di Sant’Agostino e venne edificata, sui resti dell’antica cappella, una chiesa più ampia, che crebbe in splendore con l’affermarsi dell’importanza della “Canonica di Crescenzago”. Si chiamò da subito Santa Maria Rossa, probabilmente per il prevalere dei mattoni a vista nell’aspetto esterno e interno dell’edificio e per distinguerla dalle altre chiese dedicate alla Vergine nelle zone limitrofe.

A distanza di oltre ottocento anni, nel 1961, il Cardinal Montini (poi divenuto il grande Papa Paolo VI, canonizzato il 14 ottobre 2018) in visita per la prima volta a questa appartata abbazia si soffermò sul portale esclamando:

“Si prega bene, in questa Chiesa!”